水污染终将影响人体健康和生命安全，而外界水环境污染将造成人体内环境的污染。目前，中国大城市里自来水面临的主要问题，不是过滤得干不干净，而是二次污染。陈年老旧的输水管网，楼顶水箱，都有可能是二次污染源。

1、发生以水为媒介的传染病

人畜粪便等生物污染物污染水体，可能引起细菌性肠道传染病如伤寒、痢疾、肠炎、霍乱等；肠道内常见病毒如脊髓灰质类病毒、柯萨奇病毒、传染性肝炎病毒等。

2、引起急性和慢性中毒

水体受有毒有害化学物质污染后，通过饮水或食物链便可能造成中毒。像水俣病、痛痛病是由水体污染引起的。

3、致癌作用

某些有致癌作用的化学物质污染水体后，可被悬浮物、底泥吸附，也可在水生物体内积累，长期饮用含有这类物质的水，或食用体内蓄积有这类物质的生物(如鱼类)就可能诱发癌症。

4、伤害器官

水中的有害物质对人体器官伤害很大，如“汞”会伤害肾脏、中 枢神经系统，“三氯甲烷”常常引发膀光癌，铅、硒、砷等也会对人体有不同程度的影响。

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